2003年5月、NPO法人ビッグイシュー基金の母体であった有限会社ビッグイシュー日本が設立されました。
同社は「ホームレスの人々の救済ではなく、仕事を提供する」ことを目的に雑誌を作成し、路上で販売してもらい、その売り上げの50％以上を彼らの収入にする、という事業に取り組む社会的企業です。その後約4年の活動を通して、ホームレスの人々の自立には、就業を含めた総合的なサポートが必要であると考え、2007年9月に非営利団体ビッグイシュー基金を設立し、2008年4月にNPO法人の認証を受けました。
※2012年7月1日国税庁より認定NPO法人に認定、2017年3月27日には大阪府より認定NPO法人に認定。
2026年４月１日より、雑誌『ビッグイシュー日本版』の作成をはじめとする有限会社ビッグイシュー日本の各種事業を継承、法人名を「認定NPO法人ビッグイシュー日本」と改称しました。